|
|
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Divila, Jaroslav ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů v sekvencích DNA. Zaměřuje se na popis DNA struktury, významu palindromů v DNA sekvencích a na popis metod pro vyhledávání přibližných palindromů. Hlavní část práce je zaměřena na návrh a popis implementace nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů.
|
|
|
Termodynamika tvorby DNA vlásenek
Sgallová, Ráchel ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Serum response factor (SRF) je transkripèní faktor vá¾ící se na vysoce konzer- vovanou sekvenci DNA, tzv. CArG box. Vzhledem k sekvenci nukleotidù CArG boxu by mohlo docházet k tvorbì vlásenek, resp. kruciformy. V rámci této di- plomové práce byla pomocí jaderné magnetické rezonance studována struktura CArG boxu v lidském genu c-fos. Byla zmìøena 1 H spektra v teplotním rozsahu 274{356 K a dvourozmìrná spektra 1 H{1 H NOESY a 1 H{13 C HMBC sekvencí DNA o délce 12, 14 a 16 nukleotidù. Z namìøených teplotních závislostí byly zís- kány termodynamické parametry tvorby sekundárních struktur ve zkoumaných vzorcích. Na základì spekter NOESY a nezávislosti teploty tání na koncentraci byla potvrzena tvorba vlásenek ve zkoumaných vzorcích. Odli¹nost sekundární struktury od B{DNA by mohla být vysvìtlením vysoké a nity SRF k CArG boxu. 1
|
|
|
Charakterizace strukturních vlastností a stability DNA vlásenek pomocí NMR spektroskopie
Socha, Ondřej ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
CArG box je velmi konzervovaná DNA sekvence nacházející se v Serum Response Elementu (SRE) regulujícím expresi genu c-fos. V této práci byly pomocí jaderné magnetické rezonance zkoumány krátké oligodeoxynukleotidy obsahující CArG box, za účelem ověření jeho schopnosti tvořit vlásenku. Byla změřena 1H spektra v rozsahu teplot (274-360) K. Fitováním teplotních závislostí chemických posuvů byly určeny termodynamické parametry popisující tvorbu a rozpad vlásenky. Vlásenková struktura vzorků byla potvrzena na základě anomálií v NOESY spektru a nezávislosti teploty tání na koncentraci. Je tedy pravděpodobné, že CArG box skutečně tvoří neobvyklou konformaci, možná i kruciformy. To může být příčinou vysoké afinity mezi SRE a jeho transkripčním faktorem. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Termodynamika tvorby DNA vlásenek
Sgallová, Ráchel ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Serum response factor (SRF) je transkripèní faktor vá¾ící se na vysoce konzer- vovanou sekvenci DNA, tzv. CArG box. Vzhledem k sekvenci nukleotidù CArG boxu by mohlo docházet k tvorbì vlásenek, resp. kruciformy. V rámci této di- plomové práce byla pomocí jaderné magnetické rezonance studována struktura CArG boxu v lidském genu c-fos. Byla zmìøena 1 H spektra v teplotním rozsahu 274{356 K a dvourozmìrná spektra 1 H{1 H NOESY a 1 H{13 C HMBC sekvencí DNA o délce 12, 14 a 16 nukleotidù. Z namìøených teplotních závislostí byly zís- kány termodynamické parametry tvorby sekundárních struktur ve zkoumaných vzorcích. Na základì spekter NOESY a nezávislosti teploty tání na koncentraci byla potvrzena tvorba vlásenek ve zkoumaných vzorcích. Odli¹nost sekundární struktury od B{DNA by mohla být vysvìtlením vysoké a nity SRF k CArG boxu. 1
|
|
|
Charakterizace strukturních vlastností a stability DNA vlásenek pomocí NMR spektroskopie
Socha, Ondřej ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
CArG box je velmi konzervovaná DNA sekvence nacházející se v Serum Response Elementu (SRE) regulujícím expresi genu c-fos. V této práci byly pomocí jaderné magnetické rezonance zkoumány krátké oligodeoxynukleotidy obsahující CArG box, za účelem ověření jeho schopnosti tvořit vlásenku. Byla změřena 1H spektra v rozsahu teplot (274-360) K. Fitováním teplotních závislostí chemických posuvů byly určeny termodynamické parametry popisující tvorbu a rozpad vlásenky. Vlásenková struktura vzorků byla potvrzena na základě anomálií v NOESY spektru a nezávislosti teploty tání na koncentraci. Je tedy pravděpodobné, že CArG box skutečně tvoří neobvyklou konformaci, možná i kruciformy. To může být příčinou vysoké afinity mezi SRE a jeho transkripčním faktorem. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Divila, Jaroslav ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů v sekvencích DNA. Zaměřuje se na popis DNA struktury, významu palindromů v DNA sekvencích a na popis metod pro vyhledávání přibližných palindromů. Hlavní část práce je zaměřena na návrh a popis implementace nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů.
|
host ::
RSS.